ルナと出会い、選ばれた正義の戦士としての使命を果たすため、仲間のセーラー戦士を見つけ出していく月野うさぎ/セーラームーン。一方、セーラー戦士たちの前に立ちはだかるダーク・キングダムの女王クイン・ベリルも、絶大な力を持つ“幻の銀水晶”を手に入れ地球を支配しようと目論んでいた。そんなある日、うさぎが密かに思いを寄せ、ピンチの度に駆け付けてくれていた謎の男・地場衛/タキシード仮面が、目の前で敵の攻撃を受け瀕死の状態に。その強いショックからうさぎは前世の記憶を思い出し、プリンセスとしての力が覚醒。衛を思って流した大粒の涙が「幻の銀水晶」へと変化し、衛は一命をとりとめるも敵に連れ去られてしまう。衛を、そして地球を救うため、クイン・ベリルを倒すも、ベリルを操っていた大いなる支配者クイン・メタリアが立ちはだかる。セーラー戦士たちは自らの命と引き換えにセーラームーンに力を注ぎ、セーラームーンは仲間そして愛する人を守るために、偉大なる月の力を開放した「幻の銀水晶」でメタリアを再び封印することができた。そして覚醒した月の力で仲間たちの命、かつての平和を取り戻した。
うさぎと衛は前世からの恋がついに実り、恋人同士に!ある日、ふたりがデートをしていると、突然、空から小さな女の子・ちびうさが降ってきた! 「幻の銀水晶」を探しているというちびうさを怪しむも、なにか事情があると感じたうさぎたちは、一緒に暮らしながら様子を見ることに──。そんな中、プリンス・デマンドを頂点とする新たな敵 ブラック・ムーンが出現。邪悪な力を持つ“邪黒水晶”を使い、うさぎは仲間を次々と攫われてしまう。ブラック・ムーンについてちびうさを問いただすと、ちびうさは「30世紀を救ってほしい!」と真の目的を明らかにし、うさぎたちは未来の地球を救うことを決意し30世紀へと旅立った。過去と未来を繋ぐ“時空の扉”にたどり着くと、冥界の番人でセーラー戦士、そしてちびうさの唯一の友達だというセーラープルートと出会う。彼女に見送られるように未来にたどり着くと、そこにはブラック・ムーンにより崩壊させられた未来の地球クリスタル・トーキョーが広がっていた。未来を救うため戦ううさぎたちだったが、ちびうさは孤独な心をワイズマンに付け込まれ、暗黒の女王・ブラック・レディへと変身してしまい、月の王国を滅亡させるため、うさぎたちと対峙することに。「幻の銀水晶」も敵の手に渡り窮地に陥った矢先、プルートが自らの最大の禁忌を犯して時間を止め、滅びてしまう。唯一の友達の最期の姿を見た悲しみから、ちびうさの洗脳は溶けセーラー戦士セーラーちびムーンとして覚醒。セーラームーンとともにワイズマンの正体、デス・ファントムを打破する。
未来での戦いも終わり、平和な日々も束の間、無限学園の生徒が次々と怪物に襲われる事件が起きはじめ、うさぎたちは不安を感じていた。その予感は的中し、新たな敵「デス・バスターズ」が地球に入り込み、師ファラオ90を復活させ地球を侵略するため、活動を始めていた。敵の正体を突き止めるため、うさぎたちは敵の本拠地・無限学園へと潜入するが、天王はるか/セーラーウラヌスと海王みちる/セーラーネプチューンと出会い、手を引くよう警告される。そのころ、ちびうさも不思議な少女・土萠ほたると出会いふたりは仲を深め親友となる。けれど、ほたるは誰にも話せない秘密を抱えていた。徐々に力を強めていくデス・バスターズとの戦いの中で、転生してきていた冥王せつな/セーラープルートも覚醒し、外部太陽系3戦士が集結。当初はうさぎと敵対していたが、うさぎのまっすぐな思いが心を動かし、彼女たちの真の目的《セーラーサターン=土萠ほたるの封印》が明らかになる。親友・ほたるのことを心配するちびうさは、彼女のもとへと駆け付けるが、ほたるはファラオ90に仕えるミストレス9として覚醒。幻の銀水晶を奪われ魂を抜き取られてしまう。ほたるは体を奪われながらも、命を懸けてちびうさの魂を守り抜き、ちびうさは再びセーラーちびムーンへと変身。さらには、9戦士たちの力が集まった「伝説の聖杯」の力により、うさぎとちびうさは“スーパーセーラームーン”と“スーパーセーラーちびムーン”へとパワーアップ。しかしファラオ90の力に苦戦を強いられ、仲間たちが次々と倒れていく中、3つのタリスマンが共鳴。世界を崩壊に導く破滅と誕生の戦士・セーラーサターンを呼び起こす。しかしスーパーセーラームーンの「幻の銀水晶」のパワーにより、世界の滅亡は防がれた。サターンの導きとプルートの力で敵を異空間に封じ込め、地球は再び平穏を取り戻すことができた。
うさぎたちは無事高校へ進学し、衛も大学の医学部に合格。街は今世紀最大の皆既日食でお祭りムード。新月が太陽を覆い隠し、次第に薄暗くなっていく中、うさぎとちびうさは助けを求めるペガサス、エリオスと出会う――ゴールデン・クリスタルの封印を解く、選ばれたる“乙女”を捜しているというエリオスは、ある日ちびうさの夢に現れ、「エリュシオンを救うため、力を貸してほしい」と告げる。ちびうさは、自らを必要としてくれるエリオスに次第に淡い恋心を抱くようになる。時を同じくして、街にはデッド・ムーンサーカスと名乗る謎のサーカス団が現れる。彼らの真の姿は、新月の女王・ネヘレニアを頂点とするデッド・ムーン。「幻の銀水晶」を手に入れて、月と地球を支配し、やがて宇宙までも支配することを狙っていた。すでに侵略されていた地球の中心部・エリュシオンは荒廃し、その影響で地球の王子である衛の身体をも蝕みはじめていた。デス・バスターズとの戦い以降、力を失っていたうさぎたちは、敵の見せる甘い悪夢に囚われそうになりながらも、誰かを守る強い思いや自らの使命からセーラー・クリスタルの真の力に覚醒。再び戦士として覚醒したサターンも含め外部太陽系戦士たちも再び集結し、デッド・ムーンへの戦いへと挑んでいく。セーラームーンも悪夢に囚われ愛する人や仲間たちと力を合わせ、戦士たちそれぞれのクリスタル、タキシード仮面の持つゴールデン・クリスタルの力が覚醒。新たなる姿“エターナルセーラームーン”としてさらなるパワーアップし、ネヘレニアを再び封印することに成功。荒廃していた地球は浄化され、さらには戦いで倒れたエリオスも、戦士として成長し真の力が目覚めたちびうさのセーラー・クリスタルで目覚め2人は未来での再会を約束する。

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SEASON 01

SEASON 01

ダーク・キングダム編

セーラー5戦士覚醒!時を超え、「幻の銀水晶」をめぐる戦いと友情、そして愛の物語がはじまる
SEASON 02

SEASON 02

ブラック・ムーン編

ちびうさ、セーラープルート登場!次なる舞台は未来!未来の地球、そして友のために戦う
SEASON 03

SEASON 03

デス・バスターズ編

外部太陽系戦士 セーラーウラヌス、セーラーネプチューン、セーラーサターン登場!セーラームーンはスーパーセーラームーンに覚醒!
SEASON 04

SEASON 04

デッド・ムーン編

ちびうさがエリオスに恋♡セーラームーンは、エターナルセーラームーンに覚醒!